Действительно, через параметры среды ArcMap пользовательские преобразования не видны, проверил добавление преобразований двумя разными способами.
В строку с названием преобразования, назвfние можно вписать руками. Попробуйте вписать название, как его видит инстроумент "Проецировать", например, и проверьте результат, применяется преобразование или нет.