Решено! В общем проблема была в следующем: Главная папка в которой лежали шейпы, базы данных и собственно сам проект .mxd, имела в своем названии знак "-", например, D:\project\К-123-123-123. Я заменил "-" на "_", например, D:\project\К_123_123_123 и все стало работать. Правда после изменения имени папки, при первом открытии проекта .mxd, слои все равно были потерянны, но после восстановления, при открывании проекта они уже не терялись!
