На сервере с ArcGis Serverдолжен, как минимум, быть установлен 64-битный клиент Вашей СУБД.
И инструмент должен уметь его использовать.
Если у Вас в коннекте используется Windows аутентификация, то пользователь "arcgis", от имени которого выполняется и служба, и сам инструмент, должен иметь соответствующие права в СУБД.