Это может быть, если у Вас много наборов данных в базе (больше сотни) и Вы ко всем ним имеете доступ. При подключении проверяются права на всё, что Вам доступно.
Попробуйте создать пользователя и дать ему права на несколько классов объектов. Если подключение от имени этого пользователя проходит быстро - то значит всё нормально. Если нет - причина в другом и её нужно искать по журналам sde и СУБД.
