Если после создания ArcGIS Server cache tiles у вас исчезли сonfig, user и другие папки - не пугайтесь, у вас не шизофрения. Дикий баг в 10.0 обнаружен если строить кеш и использовать file geodatabase как источник данных - вместе со старым кешем (даже если его не было) удаляется еще хренова куча файлов. Баг существует во всех версиях (.NET, Java Windows, Java Linux/Unix). На RHEL 5.5 оно пытается удалить /etc папку со всем содержимым. Может удалить всю opt/arcgis папку (поведение зависит от фазы Луны и погоды на Марсе).
Workaround - использовать SDE или найти такую комбинацию взаимного расположения .mxd (.msd) и file geodatabase когда баг не выскакивает. Чаще всего баг выскакивает когда .mxd и данные имеют одну и ту-же корневую папку и данные находятня в подпапке.
Баг будет пофиксен в SP1 и возможно будет выпущен отдельный хотфикс.
