Я обычно делаю так:
1. Добавляю ГРИД как слой и делаю его невидимым (по нему мы будем считать высоту).
2. Делаем слой в АркМапе с тем же ГРИДом, раскрашиваем его там красиво и так далее, далее копирует в АркСцену.
3. ПКМ по слою - Properties - Base Heights - Height - Obtain heights for layer from surface:
Выставляеш путь к гриду, или выбираешь слой который сделал невидимым.
Если перепад высот мал и не заметен то делайте:
ПКМ по Scene layers - General - Vertical Exaggeration - и
дальше в комбобоксе понравившееся значение (попробуй 5)...
В принципе слой высот отдельно добавлять не обязательно, можно слою указать самого себя в качестве источника, но мне так удобнее...