Да, Вы заблуждаетесь.
ArcToolBox не содержит команд для работы с модулем ArcGIS Publisher.
И не совсем понятна задача.
Вы хотите программным способом собирать заново mxd-проект и его конвертировать в pmf?
Или просто менять источник данных для готового pmf?
Может проще установить относительные пути к данным?
http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9.3/index.cfm?TopicName=Managing_data_sources
И обновлять Вашу точечную тему в разделяемом каталоге?
Такую задачу (копирование файлов) можно выполнять и по расписанию.
А Вот задачу, которую Вы описали изначально можно выполнить только программированием.
