Два варианта. Либо попробуйте пути заменять на "выход наверх - в нужный подкаталог", где "выход наверх" = "..\" Таким образом, путь к шейпу в проекте будет выглядеть вот как: "..\shapes\shape1.shp". Вроде должно работать, хотя в DOS/Windows и UNIX разные обозначения для выходов бывают, ну, сами проверяйте. Понятное дело, это из проекта не выставишь, нужен AVPath или AprWarp, или просто поиск с заменой в теле Apr используйте.
Другой вариант - организуйте свой проект по стандарту ArcView, где переменная $HOME указывает на главный рабочий каталог проекта. Подробнее глядите Help по ключу "$HOME". Процедурам будет без разницы, где лежит проект, хоть в тридцать третьем вложенном подкаталоге все шейпы от корня $HOME.
Приходилось оба метода пользовать в НИИях, когда с ГИСами экспериментировали и так и эдак. На производстве уже это все ни к чему, разработали один раз типовую структуру, стандартизовали и забыли о проблемах ;)
